CMSS modtager årligt en fast bevilling på 4,1 millioner kr. og er forpligtet af en resultatkontrakt i forhold til denne bevilling. Kontrakten består af en række mål for arbejdet inden for strategi, forskning, undervisning og formidling.
CMSS er samtidig privilegeret at have en kompetent styregruppe i ryggen, som består af 6 medlemmer fra den private og offentlige del af den maritime branche. I gruppen sidder endvidere forskningslederen af CMSS samt institutlederen. Det er således 8 medlemmer i alt, og gruppen består i dag af følgende personer:
Klaus Gregersen, Søfartsstyrelsen
Neriman Balikci, Søfartsstyrelsen
Søren Pedersen, Dansk Offshore
René Andersen, SEA HEALTH & WELFARE
Søren Enemark, Danish Shipping
Flemming N. Christensen, Fiskeriets Arbejdsmiljøråd
Lisa L. Froholdt, Forskningsleder for CMSS
Pernille Tanggaard Andersen, Institutleder for IST
Styregruppen mødes en gang om året, som regel lige før eller efter sommerferien, til en præsentation af nye forskningsresultater. Umiddelbart herefter afholdes der styregruppemøde, hvor årets aktiviteter samt nuværende og kommende forskningsprojekter og idéer diskuteres. Strategiplanen og arbejdet med de valgte forskningstemaer for perioden bliver ligeledes drøftet. Ud over det årlige styregruppemøde mødes ledelsen i CMSS også med repræsentanterne fra Søfartsstyrelsen en gang årligt for at evaluere centrets resultatkontrakt.
En af styregruppens fornemste opgaver er at sparre og vejlede ledelsen af CMSS i forhold til centrets vision og strategi samt bidrage med gode råd til udviklingen af centrets forskning og samarbejde med såvel det Blå Danmark som den internationale maritime branche i relation til sundhed og sikkerhed.