Forskningsenheden for Klinisk Mikrobiologi råder over en række laboratorie og dyremodeller som anvendes til at nærstudere infektioner som typisk rammer indlagte patienter. Vi arbejder bl.a. med in vitro flowmodeller som simulerer infektioner relateret til brugen af medicinsk udstyr, såsom urinvejskatetre og intravenøse katetre. Ved at samdyrke humane celler og bakterier undersøger vi vært-patogen interaktioner og forsøger at belyse hvorfor visse bakterier forårsager problematiske infektioner samt hvordan de overlever almindelig antibiotikabehandling.
Ud over cellekultur infektionsmodeller i mikrotiterplader, dyrker vi celler under flow i flowkamre som dernæst inficeres med bakterier. Det simulerede infektionsforløb følges direkte ved time-lapse fluorescensmikroskopi og koloniseringskapacitet og génudtryk kan undersøges i materialet som høstes fra kamrene på bestemte tidspunkter.
Vi råder desuden over infektionsmodeller i mus og grise, som sætter os i stand til at efterprøve om resultater i de kunstige in vitromodeller kan overføres til levende organismer.
Senest har vi etableret faciliteter som muliggør dyrkning af virus, herunder SARS-CoV-2, og er i stand til at udføre plaque assays samt virus neutraliseringsassay med denne virus.
Klik på listen herunder for at læse mere om de nuværende forskningsprojekter inden for området:
Eksperimentel mikrobiologi
Projektansvarlig
Rosa Gyntersen, Enhed for flåtoverførte infektioner, Infektionsmedicinsk afdeling, RigshospitaletNanna Skaarup Andersen Nanna Skaarup Andersen, Klinisk center for vektorbårne infektioner, Klinisk Mikrobiologisk afdeling OUH og Forskningsenheden for klinisk mikrobiologi, SDU
Samarbejdspartnere på projektet
Sigurdur Skarphedinsson, Klinisk center for vektorbårne infektioner, Infektionsmedicinsk afdeling Q, OUH
Sanne Løkkegaard Larsen, Klinisk Center for Vectorbårne infektioner, Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Fredrikke C. Knudtzen, Klinisk center for vektorbårne infektioner, Infektionsmedicinsk afdeling Q, OUH
Helene Mens, Enhed for flåtoverførte infektioner, Infektionsmedicinsk afdeling, Rigshospitalet
Mathilde Ørbæk, Enhed for flåtoverførte infektioner, Infektionsmedicinsk afdeling, Rigshospitalet
Anne-Mette Lebech, Enhed for flåtoverførte infektioner, Infektiontionsmedicinsk afdeling, Rigshospitalet
Resumé:
2021. Borrelia miyamotoi tilhører relapsing fever gruppen af Borrelia. I 2014 blev B. miyamotoi første gang påvist i danske flåter. Der er endnu ikke påvist human infektion i Danmark og kun få cases er beskrevet i Europa. Symptomer kan være feber, myalgier, arthralgi og træthed. Hos immunsupprimerede er der også beskrevet meningoencephalitis.
Vi ønsker at undersøge forekomsten af B. miyamotoi i danske patienter med påvist neuroborreliose. Projektet er støttet afKlinisk Center for Vektorbårne infektioner, OUH og Enhed for flåtoverførte infektioner, RH
Projektansvarlig
Janne Kudsk Klitgaard
Samarbejdspartnere på projektet
Canna Therapeutic ApS
Resumé
2018. Cannabidiol (CBD) forstærker effekten af antibiotikummet bacitracin (BAC) mod Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) . Vi undersøger CBD's virkningsmåde som et antimikrobielt stof og om CBD sammen med BAC kan bruges til at behandle infektioner forårsaget af MRSA ved hjælp af en musemodel til overfladiske hudinfektioner.
Projektet er støttet af Canna Therapeutic ApS med 1.505.899 kr.
Projektansvarlig
Thomas Emil Andersen
Samarbejdspartnere på projektet
Institut for Molekylær Medicin (SDU)
Infektionsmedicinsk Afdeling Q (OUH)
Resumé
Dette projekt har siden starten af COVID-19 pandemien arbejdet på at afdække smitterisiko blandt covid-smittede hospitalspatienter og borgere, samt analysere effekten af COVID-19 vacciner. I projektet har gruppen etableret ét af DK’s eneste viruslaboratorier godkendt til at dyrke og arbejde eksperimentelt med SARS-CoV-2. Der arbejdes i projektet med dyrkningsassays herunder plaque assay som anvendes til at estimere virusindholdet i prøver fra specifikke patientgrupper og borgere. Projektet har gennem pandemien bidraget til at vurdere hvorvidt indlagte patienter reelt bærer smitsom virus.
Projektet har i perioden 2020-2023 modtaget støtte fra Novo Nordisk Fonden, Region Syddanmark og statens ekstraordinære fond til corona-relateret forskning og innovation.
Uddybende information
Klik på nedenstående links for at læse mere om projektet :
Projektansvarlig
Nanna Skaarup Andersen, Klinisk Center for Vectorbårne infektioner, Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, SDU/OUH
Samarbejdspartnere på projektet
Infektionsmedicinsk afdeling, Rigshospitalet samt alle KMA’er i Danmark
Resumé
2016. Langtidsoverlevelse, -helbred, social funktionsevne og -uddannelse hos patienter med infektion i centralnervestsyemet.
Projektet er støttet af Forskningsrådet.
Uddybende information
https://doi.org/10.1136/bmj.k1998
https://doi.org/10.1093/cid/ciz997
https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2020.101549
https://doi.org/10.1001/jamapsychiatry.2020.2915
https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa151
https://doi.org/10.2147/CLEP.S256838
https://doi.org/10.1093/infdis/jiab013
Projektansvarlig
Thomas Emil Andersen
Samarbejdspartnere på projektet
Dansk Fundamental Metrologi
Standa (LT)
LightNovo ApS (DK)
Resumé
2023. I dette projekt, som støttes af EU og Innovationsfonden, samarbejder vi med Dansk Fundamental Metrologi under DTU (DK), virksomheden LightNovo ApS (DK) og virskomheden Standa (LT) om at udvikle et miniature Raman spektrometer. Det håndholdte spektrometer udvikles til at kunne identificere bakterier direkte i sår, som et redskab til hurtigt at identificere begyndende sårinfektion. Svage patienter og patienter med svækkede immunforsvar er udsatte for sårinfektioner, som hvis de opdages for sent kan føre til amputation eller død. Derfor er hurtig påvisning af begyndende infektion essentielt. Med teknologien der udvikles i dette projekt , håber vi i teamet at kunne udruste læger med et instrument som hurtigt kan give en indikation af, om der er problematiske bakterier i såret.
Projektet støttes EU EUREKA Eurostars programmet og forløber i perioden marts 2023 – august 2025.
Projektansvarlig
Lektor, seniorforsker, ph.d. Thomas Emil Andersen
Resumé
2014. S. aureus blodinfektioner er ofte svære at behandle og kan have dødelig udgang. Vi undersøger i projektet hvordan S. aureus formår at overleve og sprede sig i blodbanen, herunder kolonisere f.eks. hjerteklapper. Vi simulerer bakteriens vækst på dyrket væv som simulerer blodårer og undersøger bakteriens interaktion med immunaktive stoffer og koagulationssystemet.
Projektansvarlig, OUH
Thomas Emil Andersen
Samarbejdspartnere på projektet
GlyProvac
OUH, Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
Fraunhofer (DE)
Epitopic GmbH (DE)
Resumé
SVEET - Sugar-modified Vaccine Epitopes; Exploration and Translation
I dette projekt samarbejder vi med SDU-spinoff virksomheden GlyProVac, det tyske forskningsinstitut Fraunhofer (DE) og virksomheden Epitopic GmbH (DE) om at udvikle en vaccine mod tilbagevendende blærebetændelse (cystitis). I projektet udnyttes at overfladen på bakterier indeholder særlige glykosyleringer, som, hvis dette udnyttes i vaccineudvikling, vil kunne forbedre immunresponset over for bakterien. Til test af vaccinen anvendes gruppens nyligt udviklede grisemodel for blærebetændelse.
Projektet er støttet af EU’s Eurostars program og forløber i perioden forår 2021 – forår 2024.
Uddybende information
Klik på nedenstående links for at læse mere om projektet :
Link til forskningsgruppens hjemmeside
https://southdenmark.be/eu-millioner-til-start-up-der-vil-udvikle-en-vaccine-mod-urinvejsinfektion/
https://dagensmedicin.dk/forskere-faar-millioner-til-udvikling-af-vaccine-mod-blaerebetaendelse
Projektansvarlig, Region Syddanmark
Thomas Emil Andersen
Samarbejdspartnere på projektet
Region Syddanmark
Syddansk Universitet
Biomodics (DK)
Verigraft (SE)
University of Birmingham (GB)
BMD Software (PT)
Viesoji Istaiga Vilniaus Universiteto Ligonine Santaros Klinikos (LT)
Klinikum Rechts der Isar der Technischen Universität Munchen (DE)
Servicio Vasco de Salud Osakidetza (ES)
Region Stockholm (SE)
Resumé
TELEGRAFT er et multi-disciplinært projektsamarbejde mellem 10 partnere fra Tyskland, Litauen, Portugal, Spanien, Sverige og Danmark. Målet med projektet er at udvikle en vævs- og blodkompatibel kunstig blodåre som kan anvendes ved dialyse. Behandling af dialysepatienter kræver hyppig adgang til blodbanen, og her anlægges hos nogle en kunstig blodåre som kan tåle de mange kanylestik som dialysen kræver. Der er dog problemer med nuværende kunstige blodårer som ofte genkendes som fremmed i kroppen og derved giver anledning til inflammation, vævsindvækst, blodpropper og infektion. I dette EU-støttede projekt forsøger vi at løse disse problemer gennem brug af ny materialeteknologi.
Projektet er støttet med 4.8M€ af EU og forløber i perioden september 2022 til december 2027.
Uddybende information
Klik på nedenstående links for at læse mere om projektet :
https://www.sdu.dk/en/forskning/telegraft
https://cordis.europa.eu/project/id/101057673Ulrik Stenz Justesen og Flemming Damgaard Nielsen (ph.d.-studerende)
Samarbejdspartnere på projektet
Medvejledere: Thomas Vognbjerg Sydenham (Klinisk Mikrobiologisk afdeling, Odense Universitetshospital), Mikael Lenz Strube (Afdeling for Bioteknologi og biomedicin, DTU Bioengineering (CeMist Center of Excellence)) og Jakob Møller-Jensen, Institut for Biokemi og Molekylærbiologi, Syddansk Universitet.
Resumé
2021. Et typningssystem, MLST and cgMLST, er ved at blive udviklet for Bacteroides fragilis gruppen og andre anaerobe bakterier for at kigge efter mulige associationer med resistens og tarmkræft.
Projektet er støttet af Harboe Fonden og Region Syddanmark
Uddybende information
https://pubmlst.org/organisms/bacteroides-fragilis
Projektansvarlig
Thomas Emil Andersen og Ulrik Stenz Justesen
Resumé
Projektet samler for første gang afdelingens kompetencer inden for klinisk og eksperimentel forskning i tarminfektioner og sigter efter at belyse patogenesen bag Clostridium difficile tarminfektion med henblik på udvikling af nye behandlingsmetoder. Infektioner med C. difficile er et stort problem, særlig på hospitaler, da den er resistent over for flere gængse antibiotika. Patienter, som pga. antibiotikabehandling mister deres naturlige, sunde tarmflora, er i risiko for at blive koloniserede med C. difficile da den, som den eneste, kan overleve behandlingen. Derved risikerer patienter at blive kronisk inficerede med bakterien, hvilket kan have store konsekvenser for patientens helbred. C. difficile er svær at dyrke og undersøge i laboratoriet, bl.a. pga. dens særlige krav til iltfrie forhold i omgivelserne. Af den grund ved man relativt lidt om bakterien. I projektet vil der blive arbejdet på en særlig anaerob (iltfri) tarminfektionsmodel som nøje efterligner forholdene i tyktarmen. Med denne model kan projektteamet studere C. difficile’s kolonisering af tarmepitel under de korrekte forhold. Dette åbner senere i projektet op for test af nye behandlingsmetoder, som sigter mod at fjerne bakterien fra tarmen og samtidig understøtte en genetablering den naturlige tarmflora.
Projektet er støttet af MICA fonden og den anaerobe flowmodel støttes af SDU Research and Innovation Organisation.
Projektansvarlig
Thomas Emil Andersen
Samarbejdspartnere på projektet
Coloplast A/S
GlyProVac
Urinvejskirurgisk Afdeling L
Resumé
2016. I projektet belyses grundlæggende urinvejsinfektionspatogenese ifm. recidiverende blærebetændelse med særlig fokus på kateterbrugere og patienter med neurogen blære.
Projektet er støttet af Innovationsfonden, Coloplast, Horizon2020 Eurostars og Rsyd.
Uddybende information
Projektansvarlig
Thomas Emil Andersen
Samarbejdspartnere på projektet
Michael Kemp, Rune Micha Pedersen
Resumé
2019. Projektet anvender en in vitro tarminfektionsmodel til at afdække VRE-bakteriens evne til at kolonisere menneskets tarm. Det antages, at én af grundene til at denne bakterie så effektivt spreder sig blandt hospitalspatienter er dens evne til hurtigt at kolonisere tarmen når patienten er undergår antibiotikabehandling. Med avancerede tarmepitel flowmodeller undersøges dette for første gang.
Projektet er støttet af OUH og Region Syddanmark med hhv. DKKR 300.000 og 280.000