Nyt forskningsprojekt vil grave i big data og give os ny indsigt i livets gåder
Lektor Jan Baumbach, Institut for Matematik og Datalogi, modtager 6,4 mio. kr. fra Villum Fondens Young Investigator Programme
Når man skal forstå, hvordan menneskekroppen er bygget op og fungerer, er det nødvendigt at forstå de enkelte bygningsdele som celler, DNA og proteiner. Men det er ikke nok; det er lige så vigtigt at forstå, hvordan de enkelte bygningsdele påvirker og regulerer hinanden via biokemiske signalsystemer.
Dette forskningsfelt kaldes systembiologi, og det er et forskningsfelt, der ofte genererer datasæt af enorme størrelser.
Lektor Jan Baumbach har fået en bevilling på 6,4 mio. kr. fra VILLUM FONDENs Young Investigator Programme til at udvikle nye datalogiske metoder til at bearbejde disse enorme datasæt. Projektets titel er ”Bioinformatik og Store Datamængder”.
Målet er at udvikle nye algoritmer, der kan angribe datamængderne og afdække hvilke signalsystemer, der er ansvarlige for at regulere den måde, som f. eks. celler, væv og organer bliver udviklet på – eller hvordan sygdomme som kræft opstår.
Vi forstår ikke naturen helt
”Grundlæggende handler det om at forstå naturen. Helheden er større end blot summen af enkeltdele. Og i dette tilfælde meget større, for vi skal forholde os til, at alle enkeltdele kan kombineres på alle mulige måder, og at der for hver kombination kan tænkes at opstå forskellige slags samspil. Det er sådan, biokemiske signalsystemer regulerer, hvordan en celle udvikler sig: om den bliver en hudcelle eller en hjernecelle, hvordan den bliver til en kræftcelle, eller hvordan en bakterie udvikler resistens. At gøre sig håb om at kunne analysere alt dette på en måde, som gør os i stand til at forstå, hvad der foregår – at forstå livet - kræver, at vi udvikler helt nye former for datalogiske paradigmer”, forklarer Jan Baumbach om baggrunden for sit forskningsprojekt.
Ny SDU-uddannelse: Biomedicinsk informatik
Jan Baumbachs forskningsgruppe har været med til at udvikle SDU's nye kandidatuddannelse i Biomedicinsk informatik. Det er en tværfaglig uddannelse for studerende, der ønsker at bruge computere til at gøre en forskel for f.eks. fremtidens kræftpatienter og infektionsramte. Uddannelsen giver også indblik i, hvordan liv udvikles og tilpasser sig skiftende miljøer.
Data er ikke det samme som viden
Med sin baggrund i datalogien er han primært optaget af at løse de udfordringer, som moderne teknologier til data-generering møder forskerne med. Det være sig sekventering af gener eller massespektrometri.
”De metoder, jeg skal arbejde med i dette projekt, vil ikke kun kunne bruges til at forstå biologi. De vil også kunne bruges af andre forskere til at forstå f.eks. sociale netværk eller risikoen for at epidemier bryder ud”, siger Baumbach.
Han peger på, at det er en stor fordel at drive projektet fra SDU, da Danmarks stærkeste computer, kaldet ABACUS 2.0, står på SDU.
”Vi har direkte adgang til ABACUS 2.0 , og det sætter os i en fortrinlig position for at gå i gang med dette projekt”.