Indtil 1984 var der kun to danske handelshøjskoler – København og Århus – men de havde hver især afdelinger i det sydjyske: Varde, Esbjerg, Sønderborg og Kolding.
Allerede i 1979 mødtes studielederne fra tre af de små sydjyske handelshøjskoleafdelinger for at drøfte et samarbejde. Gennem mange og lange møder voksede der en vision frem om en tredje dansk handelshøjskole, der som noget nyt skulle være en decentral institution med undervisning og forskning i fire byer.
8. juni 1983 vedtog Folketinget en ny handelshøjskolelov, hvorved ”undervisningsministeren bemyndiges til at godkende oprettelse af en handelshøjskole for Syd- og Sønderjylland, opbygget over en periode til en højere læreanstalt på lige fod med handelshøjskolerne i København og Århus, med hjemsted i Sønderborg.”
Foruden hovedkvarteret i Sønderborg havde HHS afdelinger i Esbjerg, Varde og Kolding. Lokaleforholdene for de nye HHS-afdelinger var i starten ret kaotiske. Skolens første rektor, Gert Engel, beskrev i 1984 situationen således: ”Rektoratet bor til leje i en stump kommuneskole i Sønderborg, og undervisningen foregår på de lokale handelsskoler, bortset fra Esbjerg, hvor vi holder til i en gammel lagerbygning”.
Fire år senere – i 1988 – fik HHS i Sønderborg endelig sit eget hus, da man flyttede ind i den tidligere Kløvermarkskole, som var blevet grundigt renoveret og ombygget for at kunne imødekomme handelshøjskolens behov.
Pr. 1. januar 1997 blev HHS fusioneret med Ingeniørhøjskolen Sønderborg Teknikum. Senere samme år begyndte drøftelserne om en fusion med Odense Universitet og Sydjysk Universitetscenter til Syddansk Universitet.