Syddansk Universitet, der blev etableret i 1998 ved en fusion af Odense Universitet, Handelshøjskole Syd/Ingeniørhøjskole Syd og Sydjysk Universitetscenter, skriver officielt sin historie tilbage til grundlæggelsen af Odense Universitet i 1966.
I 2004 blev Institut for Grænseregionsforskning i Sønderborg en del af Syddansk Universitet, og i 2006 fusionerede Syddansk Universitet med Ingeniørhøjskolen Odense Teknikum og etablerede i den forbindelse Det teknisk Fakultet.
I 2007 indfusioneredes også Statens Institut for Folkesundhed i København og Handelshøjskolecentret i Slagelse. SIF opretholder sin status som nationalt folkesundhedsinstitut, og Handelshøjskolecentret er blevet et institut under Det samfundsvidenskabelige Fakultet og udgør SDUs campus i Slagelse.
I 2016 fejrede universitetet sit 50 års jubilæum, og Universitetshistorisk Udvalg stod i den forbindelse for at udarbejde en jubilæumsbog. Her kan du læse bogens indledende kapitel. Bogen kan købes på Syddansk Universitetsforlag.