Center for Mikrobiel Genomsekventering udgår fra Forskningsenhed for Klinisk Mikrobiologi og Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, Odense Universitetshospital. Vi udvikler og anvender molekylærbiologiske genomsekventeringsmetoder og bioinformatiske løsninger til forbedring af diagnostik af infektionssygdomme, karakteristik af sygdomsfremkaldende mikroorganismer og afdækning af smittetilfælde med tilknytning til sundhedssektor associerede infektioner. Ydermere anvendes sekventering til beskrivelse af sammensætningen af mikroorganismer i prøvemateriale, for eksempel mikrobiom / mikroflora i afføringsprøver. 

Vi samarbejder med øvrige forskningsgrupper på OUH, SDU og øvrige ind- og udland.

 

Metoder

• Helgenomsekventering (whole genome sequencing) af bakterier, virus og svampe med Illumina og Oxford Nanopore teknologier. Vi har stor kapacitet og råder over Illumina Nextseq 2000, Oxford Nanopore GridIon samt P2i. Automatiserede oprensningsrobotter og library-preparation robotter.

• Amplicon-baseret sekventering for eksempel bakteriel DNA, 16S, mikrobiom, svampe DNA, 18S, parasitter.

• Metagenomsekventering (mNGS) til unbiased afdækning af alt mikrobielt DNA i prøvematerialer.

Forskningsprojekter

• Karakteristik af fæces-mikrobiom fra patienter i immundæmpende behandling (Samarbejdsprojekt med Frontlinjecenter ICITox, Forskningsenhed for Onkologi.)
• Optimering af amplicon baseret diagnostik af bakterielle infektioner (16S)
• Afdækning af forekomsten af sundhedssektor-associerede blodforgiftninger.
• Decentral typning af Salmonella-infektioner ved brug af helgenomsekventering.
• Optimering af identifikation af gær- og skimmelsvampeinfektioner.
• FastTrax – Fast methods for tracing bacterial outbreaks (Samarbejdsprojekt med Department for Bacteria, Parasites and Fungi, Statens Serum Institut)

 

Medlemmer

 Marianne Skov

Thomas Vognbjerg Sydenham

Kat Steinke

Silje Vermedal Høgh

Sanne Løkkegaard

Sanne Grønvall Kjær Hansen

Karina Gravgaard Thomsen