Susan E. Quaggins arbejde beror på basalvidenskabelige tilgange til at forstå de processer, som er vigtige for dannelsen af blodkar. Det overordnede mål er at udvikle og etablere nye behandlinger til patienter med kar og nyresygdomme.
Hun har været pioner i udviklingen af en række genetiske værktøjer i mus og har på den baggrund lavet en række banebrydende opdagelser.